Berdirinya Sekolah Tinggi Agama Islam Salahuddin Pasuruan di mulai dari keberadaan dan lahirnya Universitas Islam Pasuruan yang disingkat UNIP.
Universitas ini merupakan satuan unit Pendidikan Tinggi dari Lembaga Pendidikan Ma’arif NU Kabupaten Pasuruan, yang pengelolaannya diselenggarakan oleh “Yayasan Universitas Islam Pasuruan”, yang disahkan pada hari kamis Legi tanggal 29 Januari 1987, dengan Akta Notaris Erlina Wijayanti, SH nomor Akte 9 dan selanjutnya berubah menjadi Yayasan 1926 Pasuruan dengan Akta Notaris: Achmad, SH nomor: 20 tanggal 04 April 1989. Dalam proses perjalanannya, UNIP mengalami perubahan institusi. Sehingga sejak tahun 1991 berganti nama Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah Pasuruan, disingkat STIT Pasuruan. Status “Terdaftar” dengan SK nomor: 25 tertanggal 18 Februari 1991.

Berikutnya berubah nama lagi menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Salahuddin (STAIS) Pasuruan, sesuai dengan ijin perpanjangan yang dikeluarkan oleh Dirjen Bimbaga Islam Departemen Agama RI nomor: Dj. II/426/2005, tertanggal 12 mei 2005, dan saat ini masih memiliki dua program studi yakni Si Pendidikan Agama Islam (PAI) STATUS TERAKREDITASI BAN-PT No. 157/BAN-PT/AK- XVII/S/VII/2013. Melihat realitas usia institusi, STAI Salahuddin saat ini seharusnya layak untuk menjadi PT yang diperhitungkan. Lebih-lebih jika kita sadari bahwa STAIS merupakan bagian dari cerminan transformasi masyarakat Muslim Indonesia, yang diwakili kalangan santri (NU), dari posisi marginal menuju pelaku utama di berbagai aspek kehidupan bangsa dan negara Indonesia.

Oleh karena itu eksistensinya merupakan amanah sekaligus tantangan yang harus disambut dengan kerja maksimal. Di samping itu, masyarakat muslim Indonesia, & NU khususnya, memiliki ekspektasi tinggi akan hadirnya sebuah institusi pendidikan tinggi Islam yang tidak hanya memiliki competitive advantages dan comparative advantages dalam berbagai aspek, tetapi juga memiliki reputasi sebagai center of the production of knowledge. Oleh karena itu STAIS Pasuruan seharusnya segera dapat dimetamorfosis menjadi sebuah Universitas yang kuat yang dapat mewujudkan pengembangan keilmuan yang mengintegrasikan antara nilai-nilai akademik ilmiah dan agama. Sehingga kehadirannya dapat menjadi Oase Ilmiah Integratif di tengah-
Renstra STAI Salahuddin Pasuruan 2018-2023 tengah perkembangan ilmu pengetahuan dan teknologi global. Kedua daya dorong Ini hendaknya menjadi pijakan bagi berbagai langkah dan strategi STAIS Pasuruan dalam melakukan pengembangan untuk mengejar posisi strategis pada percaturan
dunia akademik.