Berdirinya Sekolah Tinggi Agama Islam Salahuddin Pasuruan dimulai dari keberadaan dan lahirnya Universitas Islam Pasuruan yang disingkat UNIP. Universitas ini merupakan satuan unit Pendidikan Tinggi dari Lembaga Pendidikan Ma’arif, yang pengelolaannya diselenggarakan oleh “Yayasan Universitas Islam Pasuruan”. Yayasan ini dilahirkan pada hari kamis Legi tanggal 29 Januari 1987, dengan Akta Notaris Erlina Wijayanti, SH nomor Akte 9.
Operasional Pendirian Universitas Islam Pasuruan (UNIP) dilaksanakan oleh Panitia Pendiri UNIP yang dibentuk dan ditetapkan oleh Majelis Pengasuh Pondok Pesantren Bugul Lor yang berlokasi di Daerah Kota Pasuruan. Dengan 2 (Dua) Fakultas yaitu: Fakultas Tarbiyah (Ilmu Pendidikan) dan Fakultas Syari’ah (Ilmu Hukum). Selanjutnya pada tanggal 10 rajab 1407 H (10 maret 1987) Yayasan Pendidikan Islam Bugul Lor diseerahterimakan tanggung jawabnya kepada LP Ma’arif Pasuruan
Dengan adanya serah terima tersebut, maka sejak tanggal 10 maret 1987 Universitas Islam Pasuruan secara resmi bernaung di bawah LP. Ma’arif NU Pasuruan. Dan Perkulihan dipindah dan dipusatkan untuk sementara waktu di SDN Warungdowo Kabupaten Pasuruan, dengan ijin Bupati KDH Tingkat II Kabupaten Pasuruan nomor : 421.4/106/454.16/1987.
Untuk penyesuaian Spesifikasi Pembinaan Perguruan Tinggi UNIP Pasuruan maka Yayasan mengadakan Reformasi baik nama Yayasan itu sendiri maupun Struktur Organisasinya. Sehingga Yayasan Universitas Islam Pasuruan berubah menjadi Yayasan 1926 Pasuruan dengan Akta Notaris: Achmad, SH nomor: 20 tanggal 04 April 1989.
Tahun 1991 UNIP mengadakan spesifikasi penyelenggara Pendidikan Tinggi menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Tarbiyah Pasuruan disingkat STIT Pasuruan.Dan memperoleh Surat Ijin dari Menteri Agama dengan Status Terdaftar sesuai SK nomor: 25 tertanggal 18 Februari 1991.
Berdasarkan kajian strategis posisi areal dan untuk menambah kelancaran perkuliahan, sejak tahun akademik 1992/1993 Kampus STIT Pasuruan dipindahkan dari SDN Warungdowo ke wilayah kota Pasuruan, yaitu gedung LP Ma’arif Pasuruan dengan Lokasi Jl. Wahidin Utara no. 45 Pasuruan, dengan ijin Walikota Pasuruan nomor: 000/288/430.1/1991.
Seiring dengan perkembangan akhirnya STIT Pasuruan berubah nama menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Salahuddin (STAIS) Pasuruan yang saat ini telah memiliki dua program studi yakni, S1 Pendidikan Agama Islam (PAI) dan S1 Perbankan Syariah.