Penjaminan mutu dilakukan melalui implementasi manajemen mutu terpadu yang melekat pada struktur organisasi yang berlaku di STAI Salahuddin Pasuruan. Pimpinan STAI Salahuddin Pasuruan. bertanggung jawab atas terbentuknya organisasi mutu dan terlaksananya penjaminan mutu. Penjaminan mutu di STAI Salahuddin Pasuruan mencakup penjaminan mutu akademik (pendidikan, penelitian, dan pengabdian masyarakat) dan non-akademik. Oleh karena itu organisasi mutu harus disesuaikan dengan ruang lingkup tersebut. Di tingkat Sekolah Tinggi, penjaminan mutu menjadi tanggung jawab Ketua, Senat STAI Salahuddin Pasuruan. dan pelaksanaannya dilakukan oleh Badan Penjaminan Mutu (BPM).
Penekanan fungsi tiap level organisasi mutu seperti tersebut di atas berbeda, yaitu :
- Tingkat Institusi /UPPS : fungsi manajemen mutu
- Tingkat Program Studi : fungsi pengendalian mutu